Den første motorbådsklub i København blev stiftet den 31. maj 1916. Stifterne var en gruppe bådejere med bådplads i Frederiksholms Kanal foran Wedells Palæ. Desuden deltog enkelte bådejere med bådplads i Christianshavns Kanal. Klubben var fra starten forbeholdt motorbådsejere og var i alt 16. Senere samme år indgik klubben en kontrakt med Grev Frijs i Wedells Palæ om leje af bolværkspladser i kanalen. Den nuværende Bro 3 er således klubbens første hjemsted.
De første år blev klubben i nogen sammenhænge benævnt ”Københavns Motorbådsklub” og i andre som ”Motorbådsklubben København”, men den 31. maj 1923 vedtog man på en generalforsamling at ændre klubbens navn til ”Københavns Motorbådsklub”. Det har siden i en periode været diskuteret, hvorvidt KMK’s alder skal regnes fra 1916 eller 1923, men 1923 er blevet det vedtagne fødselsår.
Klubbens 100-års jubilæum blev fejret i 2023.
Broerne i Frederiksholms Kanal forblev i mange år klubbens tilholdssted i sejlsæsonen. Hvor man anbragte bådene om vinteren fortæller historien ikke noget om frem til 1957, hvor klubben fik mulighed for at leje et areal på Nokken som vinterbedding.
I 1969 var det ikke længere muligt at være på Nokken. Efter et længere forhandlingsforløb med Københavns Kommune fik KMK mulighed for selv at etablere vinterplads og havn på et opfyldt areal på Kraftværksvej. Aftalen med Kommunen blev indgået sidst på året 1969, og faciliteterne blev etableret i de efterfølgende år. Klubhuset blev således indviet den 20. maj 1972, og havnen den 9. oktober 1976. Havnen er skabt ved opfyldning af det omgivende areal, og broerne er bygget af klubbens medlemmer.
KMK har i dag ca. 270 medlemmer (aktive og støttemedlemmer). Klubben råder over 100 havnepladser, fordelt nogenlunde ligeligt mellem havnen på Kraftværksvej og de to broer i Frederiksholms Kanal. KMK har desuden en del medlemmer der har havneplads uden for klubben, og som udelukkende benytter KMKs havn på Kraftværksvej som vinteropbevaringsplads og bedding.
